Tu hài thường được nuôi ở những vùng bãi bồi hoặc vũng vịnh ven biển có thủy triều lên xuống hàng ngày; do vậy, khi dịch bệnh xảy ra sẽ lây lan nhanh, việc chữa trị không hiệu quả. Vì vậy, việc phòng bệnh là rất cần thiết.
Nuôi cá tra đang ngày càng giảm hiệu quả do chất lượng cá giống xuống thấp làm tỷ lệ hao hụt trong quá trình nuôi có khi lên đến 40 - 50% và nhiều dịch bệnh, phải kéo dài thời gian nuôi mới đạt trọng lượng thu hoạch. Do đó, sản xuất con giống sạch bệnh, có sức đề kháng tốt, tăng trưởng ...
Nghề nuôi nghêu phát triển khá mạnh trong thời gian vừa qua, bởi đây là loài có nhiều giá trị về kinh tế và dinh dưỡng. Do đó, việc sinh sản nhân tạo nghêu giống thành công giúp người nuôi chủ động được con giống, đáp ứng chất lượng trong quá trình sản xuất.
An toàn sinh học là điều kiện tiên quyết đóng vai trò vô cùng quan trọng trong hoạt động NTTS; để thực hiện hiệu quả điều này đòi hỏi phải kết hợp rất nhiều yếu tố, biện pháp.
Hiện nay, tình hình dịch bệnh thủy sản nói chung nhất là với con tôm ngày một diễn biến phức tạp, nhiều bệnh chưa có giải pháp chữa trị dứt diểm; chính vì vậy, công tác phòng bệnh là hết sức quan trọng và người nuôi cần thực hiện nghiêm ngặt quy trình nuôi tôm được khuyến cáo.
Nhiều loại protein mới ngày càng thu hút sự chú ý của các hãng dinh dưỡng vì có tiềm năng thay thế bột cá trong thức ăn thủy sản, trong đó có giun đất.
Đốm trắng là một trong những bệnh nguy hiểm và gây nên thiệt hại to lớn cho người nuôi tôm Việt Nam và trên thế giới. Bệnh xuất hiện đầu tiên ở Trung Quốc, Nhật Bản vào những năm 1990, sau đó lan truyền nhanh chóng đến hầu hết các nước thuộc khu vực châu Á - Thái Bình Dương và Nam Mỹ.
NTTS bùng nổ, giá bột cá leo thang và khan hiếm đã trở thành rào cản lớn với ngành dinh dưỡng thủy sản. Công cuộc tìm kiếm nguyên liệu thay thế là nhiệm vụ quan trọng nhất với ngành NTTS, đặc biệt là ngành nuôi tôm.
Nghiên cứu được Khoa Thủy sản, Đại học Cần Thơ thực hiện nhằm đánh giá ảnh hưởng của việc thay đổi độ mặn lên tăng trưởng và tỷ lệ sống của tôm sú (Penaeus monodon) khi ương theo công nghệ Biofloc.
Cá tra thường có tỷ lệ hao hụt rất lớn khi ương từ cá bột lên cá giống, vì vậy, người nuôi cần chuẩn bị tốt điều kiện cũng như chế độ chăm sóc để đảm bảo hiệu quả cao nhất.
Năm 2019, Viện Nghiên cứu NTTS III thực hiện 79 nhiệm vụ, trong đó có 10 nhiệm vụ thường xuyên theo chức năng và chủ trì thực hiện 69 nhiệm vụ khoa học công nghệ. Hiện, đã đạt được một số kết quả nổi bật trong chọn tạo và sản xuất con giống thủy sản.